口袋妖怪火红包含两处核心实验室，一处是真新镇南部的大木博士研究所，另一处是红莲岛宝可梦实验室，两处地点功能完全不同，需要按游戏阶段分别前往。
大木博士研究所位于关都地区最西南侧的真新镇，城镇布局仅有三栋主要建筑，西侧为主角住宅，东侧是劲敌房屋，南侧独立的大型单层建筑就是研究所，建筑门口带有专属标识，刚进入游戏时角色走出家门，行至一号道路交界草丛区域会自动触发剧情，被大木博士带入此处，初期流程需要在此挑选初始宝可梦，完成首场劲敌对战，后续在常青市商店领取博士包裹后，也必须返回这间实验室交付道具，对话结束后能领取宝可梦图鉴与五枚精灵球，研究所内部还设有多名助手，图鉴收集达到对应数量后，回来对话可领取学习装置、护身金币等实用道具，后期完成全图鉴收集，也需要回到此处和博士对话领取图鉴完成奖励，城镇没有野外对战干扰，可随时通过飞翔传送快速折返，无需消耗大量赶路时间。
红莲岛宝可梦实验室坐落在红莲岛宝可梦中心左侧，岛屿需要掌握冲浪秘传机才能从浅红市南侧水路抵达，整体为椭圆形独栋建筑，紧邻红莲道馆与宝可梦大宅，是中后期复活化石宝可梦的唯一场所，建筑内部划分三间独立房间，第一间存在两名可交换宝可梦的NPC，能够用雷丘兑换顽皮雷弹、用毛球兑换蔓藤怪，第二间有招式教学者，可无限学习挥指技能，第三间驻守负责化石复活的研究员，月见山获取的贝壳化石、甲壳化石，以及流程中拾取的古老琥珀都能交给该研究员，短暂往返其他区域后再次对话，就能领取化石孵化出的太古羽虫、镰刀盔与化石翼龙，不少玩家会遗漏此处交换NPC与招式教学功能，错过低成本扩充图鉴与补充招式的渠道，红莲道馆大门处于上锁状态，想要挑战馆主必须先进入旁边宝可梦大宅寻找秘钥，探索大宅时可以顺路进入实验室处理化石道具，减少重复往返岛屿的操作。
两处实验室有着明确的流程区分，前期剧情、图鉴奖励、初始宝可梦相关操作全部集中在真新镇研究所，化石复活、定点招式教学、NPC宝可梦交换则集中在红莲岛实验室，赶路方面，前期没有冲浪只能依靠步行往返真新镇，解锁飞翔秘传机后可一键直达，红莲岛必须依靠冲浪渡海，通关解锁七之岛内容后，可通过码头渡轮快速往返岛屿，建议玩家在月见山拿到化石后暂时留存，等到解锁冲浪抵达红莲岛再统一复活，不用中途折返浪费补给道具，同时每次抵达红莲岛优先进入实验室完成交换与招式学习，再探索宝可梦大宅寻找道馆秘钥，理顺路线能大幅降低野外遭遇战带来的体力消耗，图鉴收集进度达标后，记得定期返回真新镇研究所领取奖励道具，提升宝可梦培育效率。
