未定事件簿主线剧情不受玩家选择影响，仅在部分限时活动与个人支线中存在分支选项与差异化结局，核心故事线始终固定。
主线剧情作为游戏核心叙事骨架，全程采用线性推进模式，所有关键案件走向、人物命运及最终真相均为预设内容，不会因玩家选择改变。主线中虽有大量对话选项与庭审举证选择，但这类选择仅影响当下对话细节、角色语气或临时反馈，无法改变后续剧情节点与最终结果。例如第一章庭审中是否出示监控的选择，无论怎么选，剧情都会按既定流程推进，不会触发不同分支。这种设计保障了核心叙事的完整性与连贯性，让所有玩家都能体验完整的主线故事。
限时活动剧情是选择影响走向的主要场景，部分大型活动会设置多结局分支，玩家的关键选择会直接导向不同剧情结局与专属奖励。例如故城黎明的回响活动中，玩家选择不同接头人会触发7种不同结局，涵盖角色生死、阵营走向等差异化内容，部分结局还会解锁专属剧情彩蛋与道具描述差异。活动分支选择通常集中在关键剧情节点，选择后会即时触发对应剧情线，部分活动还需多次游玩解锁全部结局，为玩家提供沉浸式的剧情探索体验。
专属支线（个人线）中，玩家选择会影响情感互动细节与支线分支走向，但不改变主线关联。个人线分为旖慕篇章与甜蜜篇章，剧情围绕四位男主与玩家的情感羁绊展开。支线中的对话选择会影响角色好感度增长幅度、互动剧情触发及专属结局解锁，部分关键选择还会改变情感发展节奏，例如告白、求婚等节点的选择会带来差异化情感反馈。但这类分支仅局限于个人线范围内，不会对主线案件调查、核心谜团解开产生任何影响，主线与支线叙事保持独立闭环。
除剧情选择外，游戏核心玩法还包含搜证推理与卡牌辩论，为剧情推进提供支撑。搜证环节需在3D场景中搜集线索、询问证人，梳理证词矛盾，选择错误线索会被提示修正，直至找到正确推理方向。庭审辩论采用卡牌对战形式，玩家打出思绪卡牌对抗对方观点，消耗对方信心值即可通关，辩论结果仅影响剧情推进节奏，不改变主线结局。这类玩法与剧情选择相辅相成，既保障叙事自由度，又维持核心剧情的统一性。
