火影忍者手游中的组合玩法丰富多样，核心分为忍者组合技、忍者阵容搭配、秘卷通灵联动三类，每类都有不同的实战效果与搭配思路，能适配决斗场、副本等多种场景。
忍者组合技是单个忍者自身技能的联动释放，是最基础也最常用的组合玩法。秽土三代同时使用水遁与雷遁技能，可触发雷水龙弹组合技，伤害极高但控制较弱，需先控住对手再释放，避免空技能；红夜带土一段组合技快速释放土锥击飞敌人，适合开局先手，二段组合技伤害更高，适合收割；忍战樱需一格能量的二技能搭配一技能同时点击，跃起将敌人砸入地面，打出高额伤害与强控制。这类组合技释放后双技能进入冷却，实战中要把控时机，优先在对手无替身或被控制时使用，最大化收益。
忍者阵容组合讲究角色间的技能互补与战术配合，是决斗场上分的关键。无限火力流以晓大蛇丸、侠隐药师兜、忍战小李为核心，大蛇丸靠罗生门减CD打乱节奏，药师兜远程起手补抓取，小李开大收割，秘卷带气旋、雷电击提升起手能力；替身博弈流搭配百战水门、秽土三代、红面具，水门用苦无标记双位置压迫，三代后手控场，红面具神威增伤，秘卷选散、封印术除魔，主打心理博弈；平民优选阵容为神威卡卡西、面具带土、宇智波斑，卡卡西雷切稳定起手，带土补足爆发，斑全屏奥义收割，操作门槛低，适配中低分段快速冲分。
秘卷与通灵的联动组合，能大幅提升忍者的实战上限，弥补单个忍者的短板。冻雪秘卷搭配高爆发忍者，控住敌人后可直接灌伤害，让对手难以交替身；解术散适合反手型忍者，破除对手状态，应对霸体阵容；猿魔、蛤蟆健通灵可起手补控制、反打破绽，秽土鼬搭配鲨鱼通灵，一二技能连用配合版边大招，能快速削血且对手难躲避；半藏秽土转生搭配影分身秘卷与通灵，可实现“四鱼连喷”，大范围毒雾压制对手，打出高额伤害。实战中要根据忍者特性选择，拉扯流带解术散，爆发流带冻雪，通灵优先在替身冷却期或打断对手奥义时释放。
