战胜精灵联盟冠军并通关一周目后，读取通关存档即可直接开启第二轮游戏，角色会出现在真新镇自家门口，完成图鉴升级与七岛任务后即可完整解锁二周目全部内容。通关动画结束后存档不会消失，重新加载存档便会进入二周目初始场景，此时大木博士会主动上前查看图鉴完成度，这是开启后续核心剧情的关键节点，未满足条件则无法触发全国图鉴与七岛支线，只能在原有地图自由探索，无法推进全新主线任务。
开启第二轮游戏的核心前提是图鉴中已收录至少六十种宝可梦，满足数量后与大木博士对话，即可将关都图鉴升级为全国图鉴，解锁更多宝可梦的捕捉与图鉴登记权限。若图鉴数量不足，需先在常青森林、月见山、浅红市周边等区域补充捕捉常见宝可梦，凑齐数量后返回真新镇研究所完成升级，升级后前往精灵联盟会得知冰系天王暂时离开，联盟挑战暂时关闭，引导玩家转向全新的岛屿剧情，这也是第二轮游戏区别于一周目的核心玩法分支。
解锁全国图鉴后，从枯叶市码头乘船前往一之岛，与精灵中心的研究员对话，接取寻找红宝石的任务，正式开启七岛探索流程。前往灯火山深处击败火箭队成员，在洞穴内找到红宝石并交还给研究员，可获得彩虹通行证，获得自由往来七座岛屿的权限，途中还能在灯火山顶部遇见火焰鸟，完成捕捉可丰富神兽收藏，二周目新增的岛屿地图包含大量隐藏道具、稀有宝可梦栖息地与火箭队残余势力剧情，探索价值远超一周目常规区域。
完成红宝石任务后，继续推进二至七岛的支线剧情，依次解开蓝宝石相关谜题，挫败火箭队的残余计划，解锁更多隐藏地点与训练师挑战。七岛区域包含众多高难度训练师、进化石获取点与传说宝可梦相关线索，部分区域需要冲浪、怪力、碎岩等秘传机器才能进入，玩家可借此完善队伍配置，收集一周目无法获取的道具与宝可梦，同时挑战岛屿上的隐藏训练师，提升角色对战实力与游戏完成度。
完成全部七岛主线任务后，冰系天王返回精灵联盟，可再次前往挑战四天王与冠军，此时对手宝可梦等级与阵容全面提升，对战难度大幅增加，成功通关后可解锁完整的二周目通关结算，同时开启全地图自由探索模式，玩家可专注于宝可梦收集、个体值培养、对战塔挑战与全图鉴达成，第二轮游戏的长线玩法也由此全面展开。
